Kao simbol grada, struktura dvorca Eltz oštećena je tijekom tromjesečne opsade Vukovara 1991. godine. Zbog svog istaknutog položaja u blizini obale Dunava, na suprotnoj strani od neprijateljskog topništva, dvorac je pretrpio značajna oštećenja. Krovovi i zidovi svih zgrada teško su oštećeni ili potpuno uništeni bombardiranjem sa zemlje i iz zraka. Eksploziv i požari uništili su drvene stropove i krovne konstrukcije, drvene prozore i vrata te ukrasne metalne, kamene i štukaturne elemente. Zidarski radovi, posebno na pročeljima, pretrpjeli su duboke rupe od projektila različitih kalibara, a žbuka i arhitektonski plastični elementi teško su oštećeni izravnim pogocima ili snopovima projektila u neposrednoj blizini.

Zbog svoje orijentacije, sjeverno pročelje palače pretrpjelo je najveću štetu, više puta pogođeno izravnim granatama, dok je južno pročelje susjednog paviljona za goste gotovo u potpunosti uništeno. Bogati unutarnji namještaj palače – mramorni kamini, štukature na svodovima i stropovima, kameni okviri vrata i podovi – uništeni su ili oštećeni šrapnelima i požarom. Tijekom okupacije Vukovara, ostaci Sobe Kurije IV potpuno su uništeni tijekom obnove susjednih zgrada.

Na temelju rezultata istraživanja izrađeni su prijedlozi za rekonstrukciju i prezentaciju. Istovremeno s istraživanjem potpisani su ugovori za razvoj projekta i izgradnju te su provedeni preliminarni radovi na čišćenju ruševina i početku početnih faza obnove. Fokus je bio na glavnoj zgradi (Veliki dvor) i paviljonu za goste, najvažnijim zgradama u sjevernom dijelu kompleksa, te baroknim kućama (Kurije). Potpuna obnova provedena je samo na jednoj od četiri Kurije, Kuriji IV – Inspectoratum, dok su ostale tri podvrgnute strukturnim popravcima i preuređenju pročelja.

Nakon projekta potpune rekonstrukcije šest zgrada u sjevernom dijelu kompleksa, prva faza obuhvatila je temeljne radove na obnovi glavne zgrade (Veliki Dvor) i gostinjskog paviljona. Naknadno je odlučeno o drugoj fazi, završetku radova na ove dvije zgrade. Posebno opsežan i zahtjevan aspekt rekonstrukcije bili su konzervatorsko-restauratorski radovi na kamenim skulpturama i mnoštvu dekorativnih arhitektonskih elemenata i značajki izrađenih od kamena, metala, mramora i štukature.

Zahvaljujući projektu „Istraživanje, obnova i revitalizacija kulturne baštine Iloka – Vukovara – Vučedola“, koji je koordiniralo Ministarstvo kulture RH, završena je obnova arhitektonske kulturne baštine – kompleksa dvorca Eltz, omogućujući mu da ponovno zablista u svom punom sjaju.

Provedena su ispitivanja vlage i sadržaja soli.

Nakon toga, podnesen je prijedlog sanacije – koncept temeljen na Remmersovom sustavu – i radovi su započeli.