Kao simbol grada, sklop Eltz teško je stradao tijekom tromjesečne opsade grada Vukovara 1991. godine zbog svojega istaknutoga položaja u neposrednoj blizini dunavske obale na čijoj je suprotnoj strani bila locirana neprijateljska artiljerija.

Bombardiranjem sa kopna i iz zraka teško su oštećena ili u potpunosti uništena krovišta te zidane strukture svih građevina. Eksplozivna sredstva i požari koji su njima prouzročeni uništili su drvene međukatne i krovne konstrukcije, stolariju prozora i vrata te dekorativne metalne, kamene i štuko elemente. Zidane strukture, ponajviše pročelja, zadobile su probojne rupe od projektila različitih kalibara, a žbuka i dijelovi arhitektonske plastike teško su oštećeni direktnim pogocima ili rasprskavanjem projektila u neposrednoj blizini.

Zbog svoje orijentacije, najteže je stradalo sjeverno pročelje Dvora, višekratno izravno pogođeno granatama te južno pročelje susjednoga Paviljona za goste koje je skoro u potpunosti srušeno. Bogata unutrašnja oprema Dvora, mramorni kamini, štukature na svodovima i stropovima, kameni dovratnici i popločenja uništeni su ili oštećeni krhotinama projektila te požarima. U razdoblju okupacije Vukovara do temelja su srušeni ostaci Kurije IV prilikom obnove susjedne zgrade.

Nakon reintegracije Hrvatskoga Podunavlja popisane su i procijenjene ratne štete te se započelo sa pripremama za obnovu. Ubrzo je rekonstruirano šatorasto krovište nad središnjim dijelom Dvora te je obnovljen dio prizemlja radi potreba Gradskoga muzeja Vukovar. Cjelovita je obnova kompleksa Eltz započela u okviru Projekta Istraživanje, obnova i revitalizacija kulturne baštine Ilok – Vukovar – Vučedol kojim je Hrvatski restauratorski zavod preuzeo radove na obnovi ukupno 22 povijesne građevine u Vukovaru i to 12 građevina u baroknoj jezgri grada, i 10 građevina kompleksa dvorca Eltz.

Građevinskoj su obnovi prethodila opsežna istraživanja arhivske i povijesne građe, izrada snimaka i opisa zatečenoga stanja te konzervatorsko-restauratorska istraživanja na samim građevinama. Istraživanjima se došlo do novih spoznaja o izvornom izgledu i oblikovanju te naknadnim promjenama na građevinama. Na osnovi valoriziranih rezultata istraživanja izrađeni su prijedlozi obnove i prezentacije. Istovremeno s istraživanjima potpisani su ugovori za izradu projekata i izvođenje građevinskih radova te su provedene pripremne radnje raščišćavanja ruševina i početne faze obnove.

Prioritet je dan zgradama Velikog dvora i Paviljona za goste, najznačajnijim građevinama sjevernoga dijela kompleksa, te baroknim kurijama.Cjelovita je obnova provedena samo na jednoj od četiri kurije, Kuriji IV – Inspectoratum, dok je na ostale tri izvedena konstruktivna sanacija i uređenje pročelja.

Prema Projektu potpune obnove šest građevina sjevernoga dijela kompleksa, u prvoj su fazi obavljeni temeljni radovi na obnovi Dvora i Paviljona za goste, a potom je ugovorena druga faza za kompletan završetak radova na navedene dvije građevine.

Naročito opsežan i zahtjevan segment obnove predstavljali su konzervatorsko – restauratorski radovi na kamenim skulpturama i mnoštvu dekorativnih arhitektonskih elemenata i opreme arhitekture izrađenih od kamena, metala, umjetnoga mramora kao i na štuko dekoracijama.

Popis Remmers materijala koji su primijenjeni za sanaciju dvorca Eltz:
GROBZUGMÖRTEL, SANIERPUTZ ALTWEISS, KIESOL, DICHTSCHLÄMME, VORSPRITZMÖRTEL, FEINPUTZ, FEINZUGMÖRTEL, SILICONHARZFARBE LA, HYDRO – TIEFENGRUND, SILICON PRIMER, MULTI-SIL SONDER, FUGENMÖRTEL SONDER, SULFATEXSCHLÄMME, GRUNDPUTZ, FUNCOSIL FC, KSE 300, KSE 100, HISTORIC LASUR, HISTORIC SCHLÄMMLASUR, FUNCOSIL SNL, ELASTOSCHLÄMME 2K RESTAURIERMÖRTEL, KSE 500E, EPOXY UV 100TX, GRAFFITISCHUTZ I SILICON-HARZ SPACHTEL